病原微生物是指可以侵犯人体，引起感染甚至传染病的微生物，或称病原体。病原体中，以细菌和病毒的危害性最大。病原微生物指朊毒体、寄生虫（原虫、蠕虫、医学昆虫）、真菌、细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体、病毒。 某些病原体反复接触某些化学治疗药物后，其反应性不断减弱，以致最后病原体可抵抗该药而不被杀灭或抑制，这就是病原体对药物的耐受性，称为耐药性或抗药性。产生抗药性的主要原因是药物剂量不足或长期使用某种药。许多细菌和寄生虫都会发生抗药性。病原体产生了抗药性，常使疗效减小或完全失效。抗药菌株具有遗传性，因此，在治疗疾病时要严格掌握适应症，防止滥用药物。