常用的荧光素有异硫氰酸荧光素、罗达明衍生物、羟基香豆素（Hydroxy coumarin）等，这些标记物掺入到探针后可用荧光显微镜直接观察杂交结果。
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acetonylbenzyl hydroxy coumarin 丙酮基苯香豆素
7-Hydroxy coumarin-d5 羟基香豆素
hydroxy y coumarin 羟基香豆素
hydroxy methyl coumarin 羟基
7-hydroxy-6-methoxy coumarin 羟基
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