主要利用实验方式（X射线晶体学、核磁共振谱学和电子显微学）来测定蛋白质结构，同时结合同源建模（homology modelling）这一计算方式来推测蛋白质结构。和传统结构生物学不同的是，利用结构基因组学所测定的蛋白质结构通常是功能未知的蛋白质。
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