亚马逊河源头。源出秘鲁中部劳里科查(Lauricocha)湖之上的覆雪安地斯山区，距太平洋约160公里(100哩)。向西北流经高3,650米(12,000呎)的向风高原，并在安地斯山脉切出深邃的峡谷。中段通过高地丛林形成一系列无法航行的急滩瀑布。在最壮观的急滩彭哥·德麻塞里奇(Pongo de Manseriche)後，马拉尼翁河只比海平面高175米(575呎)。剩下的1,415公里(879哩)河道蜿蜒东流，经过炎热、人口稀少的雨林区，接纳瓦亚加(Huallaga)河。在瑙塔(Nauta)下游与乌卡亚利(Ucayali)河汇流，形成亚马逊河。