选择性标志基因 selective marker 生物，特别在微生物中，为得到遗传的重组体而用于直接进行选择的基因．例如使大肠杆菌的雄株[野生型，thr+leu+strs]和雌株（苏氨酸缺陷型．亮氨酸缺陷型，链霉素抗性，thr-leu-strr）接合，在含有亮氨酸和链霉素的选择性琼脂培养基上选择重组体，能在这个培养基上生长的菌株就是苏氨酸非缺陷型（thr+来自雄株）和链霉素抗性（strr来自雌株）的重组体。这时thr+和strr这二个基因称为选择性标志基因。因为strs基因是用来排除（反选择）雄株的．所以这个基因称为反选择标志基因（counter－selecting marker）．另外在这里所得到的重组体中，尚有亮氨酸非缺陷型（来自雄株）的菌株和亮氨酸缺陷型（来自雌株）的菌株．这时leu基因因为不是用来直接选择的，所以称为非选择标志基因。重组体中来自雄株的非选择性标志基因出现的频率，与基因图上的选择性标志基因之间的距离成反比．如果进一步研究多个非选择性标志基因的分离，就可知道这些基因之间的位置关系。