蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多，其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，详见Uniprot_百度百科。其他的蛋白数据库有PDB（Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年）等。国内也有些如由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护的SDSPB等。
翻译 编辑本段 回目录 日常需要的一系列PDB相关数据库 蛋白质数据库（Protein Data Bank，PDB）是大分子结构信息的全世界数据仓库。我们提出了与PDB平行的一系列数据库。
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“美国建立了许多大型的数据库，如核酸数据库（Gen Bank）、蛋白质数据库（Protein Database）、生物医学文献数据库（Medline）等等。
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国际互联网有若干重要的安利蛋白质数据库（updated protein databases），收集了大量最新的安利蛋白质一级结构及其他资料,为安利蛋白质结构与功能的深入研究提供了便利。
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·2,447,543篇论文数据，部分数据来源于NoteExpress
BlastP是用于在蛋白质数据库中搜索类似序列的。
BlastP is used for searching protein databases for similar sequences.
蛋白质数据库(PDB.org)是一个有关生物分子(尤其是蛋白质)结构数据的全球档案库。
The protein data Bank (PDB.org) is a worldwide archive of structural data about biological molecules, mostly proteins.
然后，对整合的所有蛋白质进行了功能分类和表达分析，并建立了拟南芥花粉表面蛋白质数据库。
Besides, functional classification and expression analysis of all intergrated proteins have also been processed and a database of arabidopsis pollen surface proteins has been constructed.
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