少数种类为脊椎动物消化道内共生或寄生的动物，例如结肠肠袋虫（Balantidium coli），是唯一寄生于人体的纤毛虫。它通过包囊感染，引起寄主肠道溃疡及痢疾。
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结肠肠袋虫
Enterobarsupials coli
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