染色体片段代换系(Chromosome Segment Substitution Lines, CSSL)群体是在F1代与轮回亲本进行多代的回交，然后通过对供体亲本的染色体片段进行分子标记选择得到的高代回交群体。该群体后代自交不会发生性状分离，可以稳定遗传。群体内整个染色体组只存在少数几个甚至一个代换片段差异?该群体与其受体亲本间在遗传背景上只有代换片段上的差异、是永久性分离群体、遗传背景简单可以用来进行多点、多年、多重复的实验，QTL定位时可以消除其它背景的干扰，将QTL定位到很小的片段上、QTL定位的精确度高。所以CSSL群体近年来被广泛用于QTL的精细定位及图位克隆。它具有如下特点：1?单一性。每个片段代换系的基因组内只含有来自供体亲本的染色体片段，且两端由分子标记界定，基因组的其余部分与轮回亲本相同。2?稳定性。可以提供大量的种子用于多点、多年、多重复的实验?可以研究QTL与环境、QTL之间等的互作关系。3?单片段代换系可以通过再次回交?重组再分隔成代换片段长度更短的染色体单片段代换系，这样就可以对QTL进行精细定位。片段代换系减少了遗传背景的影响，大大提高了QTL定位的准确性，同时降低效应较大的QTL对效应较小的QTL的遮盖作用，减少QTL之间的互作，从而使微效QTL被检测出来。