1933年，昆明医科大学前身的东陆大学医学专修科建立。 1956年，昆明医科大学建院。 1977年，恢复高考招生。 1981年，成为全国首批硕士学位授予单位。 1993年，被列为省属重点院校。 1996年，获准具有开展在职人员以同等学力申请硕士学位工作资格。 1998年，获准为博士学位授予单位。 2000年和2003年，分别成为临床医学、口腔医学硕士专业学位授权试点单位。 2005年，昆明医科大学药学院招收药学专业硕士生。 2006年，批准为开展推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士研究生工作单位。