这种生物早在1949年就被发现了，不过，那时它被认为是一种原始的涡虫。此后也有研究认为这是一种软体动物(Noren & Jondelius,1997)，不过它的身体构造却与软体动物有极大的差异。直到2003年根据DNA研究的结果，异涡虫被确认为一类独立的后口动物，并确认其主要以软体动物的卵为食品，正因为如此，导致大量软体动物的DNA混入其标本中，从而导致此前被误认为是软体动物。经过更加详细的研究后，建立了仅有异涡虫的异涡动物门（Bourlat et al., 2006）。异涡虫根据18S rRNA被分在后口动物基部。