Penalty) ：10 ；空位延伸罚分(Gap Extension Penalty) ：0.10 ；蛋白权重矩阵(Protein weight matrix) ：Gonnet 系列；DNA 权重矩阵：IUB ；Toggle 慢/ 快逐对比对＝ SLOW 或FULL
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缺口延伸罚分 gap extension penalty
延伸罚分
Extended penalty points
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对比对结果的统计分析表明，起始空位罚分和延伸空位罚分都显著地影响空位的百分含量。
Statistical results prove that gap opening and extension penalties significantly change the percentage of the gaps.
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