化学基因组学(Chemical Genomics)是一个自90年代中期以来的新兴学科。该词是由英文翻译而来的,在英语语境下Chemical Genomics这一学科近似并从属于Chemical Biology(即:化学生物学)这一学科,且二者并没有明显界限,因此中文可将化学基因组学理解或翻译为化学生物学,二者同属化学学科大类下的二级学科。该学科是哈佛大学的Schreiber博士和Scripps研究所的Schultz博士所提倡并引领,该学科的思路是:采用化学的手段或方法,如运用小分子或人工设计合成的分子作为配体来直接影响或改变生物的功能。 传统的生物学或生物化学,通常是研究生物体本身的化学机制和过程,或利用基因本身的手法,将基因表现后,探讨生物体分子内的交互作用、调控机制等。而化学基因组学(化学生物学)则是利用化学方法解决生物学问题,是人为的采用有机化学的方式,进行分子的合成,进而探讨这些分子对于生物内反应本身的作用。