三角帆蚌瘟病的病原体为三角帆蚌瘟病病毒(HcPV)。病毒颗粒为球形或类球形，直径为40-296纳米，多数为60-120纳米；病毒外被厚7.9纳米的脂质囊膜，表面布满长10-12纳米的棒状突起，内嵌有直径20-30纳米的砂样颗粒。核衣壳由串珠状物构成，在包装入病毒前呈杆状核衣壳，直径10-12纳米，长度30-1 000纳米不等；以后经3-5个圈的螺旋化，成为直径40-70纳米的螺旋管核衣壳，包装在病毒中。该病毒属于砂粒病毒科(又称嵌砂样病毒科)。在病蚌的肝、胃肠细胞的胞浆内有大量嗜酸性病毒包涵体，包涵体呈圆形或卵圆形，直径6-10微米。