Ar y mater o gronfeydd cydlyniant Ewropeaidd, dywedodd Mr Jones fod penderfyniadau allweddol sy'n ymwneud ag amodau'r cyllid o 2013 ymlaen yn yr arfaeth.
Yn ei ymateb dywedodd y gweinidog cyllid bod hynny'n effeithio Prydain gyfan a bod llywodraeth y cynulliad wedi gwneud cais i lywodraeth y DU am arian ychwanegol.