目前，红球菌归属于放线菌门(Actinobacteria)，放线菌纲(Actinobacteria)，放线菌亚纲(Actinobacteridae)，放线菌目(Actinomycetales)，棒杆菌亚目(Croynebacterineae)，诺卡氏菌科(Nocardiaceae)，红球菌属(Rhodococcus)。
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