洪武年间（1368-1398），万阜乡地域属青田柔远乡。清康熙2年（1663年）属于青田县九都的一部分。清雍正六年（1728年）称九都九源。1909年隶属青田县南田乡。民国19年（1930年）始称万阜乡，民国29年（1940年）北山撤区后，归南田区，万阜乡与十源（现文成县）乡合并为万源乡。民国37年（1948年）万阜乡十源部分划归文成县后又称万阜乡（又属北山区）。1952年，万阜乡分为蒲州、万阜两乡。1956年蒲州、万阜两乡并为万阜乡。1958年实行人民公社制，称万阜公社。中华人民共和国成立前，万阜乡政府驻万阜村，成立后驻地为新庄村，至今乡名、驻地不变。