《食用菌菌种管理办法》于2006年3月27日以农业部令第62号公布，根据2013年12月31日农业部令2013年第5号、2014年4月25日农业部令2014年第3号、2015年4月29日农业部令2015年第1号修订。该《办法》分总则、种质资源保护和品种选育、菌种生产和经营、菌种质量、进出口管理、附则6章37条，自2006年6月1日起施行。1996年7月1日农业部发布的《全国食用菌菌种暂行管理办法》（农农发〔1996〕6号）予以废止，依照《全国食用菌菌种暂行管理办法》领取的菌种生产、经营许可证自有效期届满之日起失效。