因子囊果多为盘状或杯状而得名。盘菌的子囊果为子囊盘，它由子实层、囊层基和囊盘被组成，子囊盘或形成子囊盘的子座或菌核的组织可分为几种不同的类型。短细胞组织分为球胞组织、角胞组织和短胞组织；长细胞组织分为交错组织、表层组织、厚壁组织和薄壁组织。子囊盘内还可能有凝胶存在。 盘菌的子实体常因侧丝内的色素而显现各种颜色，如红、黄、褐、黑色等。子实体除典型的盘状或杯状外，还有海绵状、钟罩状、马鞍状、舌状、羊肚状等。 子囊的结构和开裂方式是盘菌分类的重要依据。除地衣化的盘菌外,其余盘菌的子囊全为单层壁,顶部具不同的结构和染色反应。按照子囊孢子释放时子囊的开裂方式，可将盘菌分为有囊盖盘菌和无囊盖盘菌两类。有囊盖盘菌都是腐生菌，子囊由顶端囊盖或唇状开裂强力放射孢子并常呈雾状。这类盘菌常为具柄的大型子实体，如羊肚菌属、马鞍菌属、粪盘菌属和大丝菌属等。无囊盖盘菌的子实体以中型为主，多数腐生，但有很大比例的寄生菌,而且无性阶段较为发达,如链核盘菌属的无性阶段为丛梗孢属，座盘菌属的无性阶段为葡萄孢属。大多腐生于富含有机质的土壤和植物残体上，少数寄生于种子植物或与藻类共生形成地衣。 R.P.科尔夫(1973)将本纲下分7目:柔膜菌目、厚顶盘菌目、星裂盘菌目、瘿果盘菌目、盘菌目、梭绒盘菌目、块菌目。除梭绒盘菌目和瘿果盘菌目外,其余5目在中国均有报道。因子囊果多为盘状或杯状而得名。盘菌的子囊果为子囊盘，它由子实层、囊层基和囊盘被组成，子囊盘或形成子囊盘的子座或菌核的组织可分为几种不同的类型。短细胞组织分为球胞组织、角胞组织和短胞组织；长细胞组织分为交错组织、表层组织、厚壁组织和薄壁组织。子囊盘内还可能有凝胶存在。