神盾局特工第二季剧集依然将延续第一季矛盾重重的情势，但远比第一季要黑暗的多。2014年9月23日第二季正式开播。"特工卡特"献身客串；与此同时，预告片也让粉丝们有机会一睹部分新成员资深特工“伊莎贝拉”以及“吸收人”的真面容，还有具有特殊能力的仿声鸟，除此，第二季充满了各种疑团。复活的Coulson还是原来的Coulson么，他服用GH-325后究竟看到了什么；换了发型和S.O的Skye的能顺利查探出她的身世之谜么，之后她将如何发展；被称为铁骑的May究竟知道多少Coulson的秘密；而失去了信仰的Ward又将何去何从，他该如何面对May与Skye；受伤的Fitz能否恢复天才大脑，暂时离开作为九头蛇卧底的Simmons能否逃过被洗脑的命运，GH-325为什么使千里眼和Coulson画出方尖碑上的图案，而方尖碑又拥有怎样的力量，Skye的父亲究竟是谁，一切谜团等待揭晓。