生态遗传学（ecological genetics， ecogenetics）是群体遗传学与生态学相结合的遗传学分支，研究生物群体对生存环境的适应以及对环境改变所作出反应的遗传机理。生态遗传学研究适用于各种引人入胜的生物学问题，对进化遗传学、群体遗传学、数量遗传学和动植物、微生物育种等有关学科的发展有很大意义。 环境的改变如果只引起生物表型上的变化，那是生态学研究的内容；只有当 环境的改变造成生物遗传上的变化并在群体中保留下来，才是生态遗传学研究的范畴。生态遗传学不仅研究在自然条件下生物发生遗传变化的长期效应(进化)，而且也研究在人工条件下发生遗传变化的短期效应（育种），这些研究对进化遗传学、群体遗传学、数量遗传学和动植物、微生物育种等有关学科的发展有很大意义。例如生长在英格兰中部的一种蜗牛，壳的颜色有褐色和黄色两种，受一对等位基因控制，褐色对黄色为显性。鸟类捕食这种蜗牛的办法是先把它们衔到空中，再扔落在硬石地面打碎外壳。P.M.谢泼德1951年发现，在入春以前，草色枯褐，被捕食的蜗牛多数是黄色的；入春以后，草色变为黄绿，这时被捕食的蜗牛多数是褐色的。通过对硬石地面上残壳的计数，可以清楚地观察到上述现象，这证明了C.R.达尔文的自然选择学说。而逐年的观察还表明，虽然不同时期被捕食的壳色发生周期性的变化，但每年的比例大致相同，这表示两种壳色的群体已达到了平衡，为群体遗传学提供了例证。