《生化忍者》是一款动作冒险游戏。忍者诺雷最近收到了一项奇怪的指令，忍者集团的首领半藏下令让他去调查一个工厂。原本诺雷以为会是一项很轻松的任务，但是当他到达那个名为“Origin”的工厂时，却惊奇的发现这其实是一个巨大的神秘集团。这个集团正利用他们的邪恶科技在黑暗工厂里制造各种生化怪物。就在诺雷准备返回报告这一重要情况之时，他却被敌人发现并抓进了实验室，随后便失去了意识。当他醒来的时候，发现自己的身体已经发生了奇异的变化。原来诺雷已经作为试验品被改造成了一名生化人。他极端愤怒，决定利用他获得的奇怪力量向邪恶势力复仇。但是复仇之路远没有想象中那么简单，等待他的将是重重的机关险阻,以及更为恐怖的生化巨怪。