如果合成的聚丙烯酰胺凝胶从上至下是一个正的线性梯度凝胶，点在凝胶顶部的样品在电场中向着凝胶浓度逐渐增高的方向即孔径逐渐减小的方向迁移。随着电泳的继续进行，蛋白质受到孔径的阻力越来越大。 电泳开始时，样品在凝胶中的迁移速率主要受两个因素的影响： 一是样品本身的电荷密度，电荷密度越高，迁移速率越快； 二是样品分子的大小Mr越大，迁移速率越慢。当迁移所受到的阻力达到足以使样品分子完全停止前进时，那些跑得慢的低电荷密度的样品分子将“赶上”与它大小相同但具有较高电荷密度的分子并停留下来形成区带。因此，在梯度凝胶电泳中，样品的最终迁移位置仅取决于分子自身的大小，而与样品分子的电荷密度无关。样品混合物中分子质量大小不同的组分，电泳后将依分子质量大小停留在不同的凝胶孔径层次中形成相应的区带。