佛祖寺位于宝顶山古佛岩山顶，是研究宝顶石刻历史渊源的重要佛教史迹，是佛教徒从事宗教活动的重要场所，现又成为大足石刻的旅游景点之一。 佛祖寺在南宋绍兴年之前名叫古佛岩，仅为一座小寺庙，庙中供奉一尊3米多高的唐代雕刻的古佛像。南宋绍兴年间因大风雨而垮塌，将独自坚守在庙中已80多岁的老和尚压死其中。南宋高僧，大足石刻的创始人赵智凤为纪念"人在小庙，却心系众生"的师父，重建了寺庙，并扩大其规模，将庙宇的名称该为"佛祖寺"，并亲笔题写了"佛祖寺"三字，刻成匾额高挂于大殿正门之上。 南宋时，元兵南下入川，兵燹宝顶山寺庙，佛祖寺也难逃劫难，寺庙被毁，寺中著名的石刻佛像遭损坏，露天而坐，忍受着凄风苦雨，烈日风霜的煎熬。清朝嘉庆九年佛祖寺住持僧人庆云法师重修佛像并塑为金身。