中国科学院南京地理与湖泊研究所，坐落于古都南京玄武湖畔，前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所。1988年1月，改名为中国科学院南京地理与湖泊研究所并沿用至今，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的中国地理研究所。 研究所科技创新发展总体布局为长期聚焦“湖泊关键过程与多要素相互作用机理”和“湖泊-流域系统演变及对人类活动的响应与综合管理”两大基础科学问题研究；重点发展“物理湖泊与水文、湖泊生物与生态、湖泊沉积与环境演变、湖泊环境与工程、流域水文与资源环境、区域经济地理、遥感与地理信息科学”七个学科方向；支撑“湖泊水环境治理与生态修复”和“区域可持续发展规划与评估”两大战略研究领域。 截至2014年底，研究所设有一个国家重点实验室，一个中科院重点实验室；共有在职职工243人，包括研究员及正高级工程技术人员43人、副研究员及高级工程技术人员73人；共有在学研究生182人（其中硕士生73人、博士生109人）、在站博士后16人。 第一批全国中小学生研学实践教育基地。