中国科学院南京土壤研究所（Institute of Soil Science，Chinese Academy of Sciences）成立于1953年，前身可追溯至1930年7月成立的农矿部地质调查所土壤研究室；1953年1月，中国科学院南京土壤研究所正式成立；2001年3月，成为中国科学院知识创新工程试点行列的研究所之一。 中国科学院南京土壤研究所的重点研究领域为土壤资源与管理、土壤肥力与调控、土壤环境与健康、土壤生物与安全。 据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京土壤研究所共有1个国家重点实验室、1个中国科学院重点实验室；共有在职职工311名，其中专业技术人员275名，在学博士生154人、硕士生122人，在站博士后研究人员30人。