按流量划分
可分为：①反映系统从外界输入物质、能量及子系统间相互输入的指标；②反映系统向外界输出物质、能量及子系统间相互输出的指标；③反映输入、输出两方面因素的生态经济效益指标，其表现可以是输出减去输入的净效益关系，也可以是输出除以输入的比率关系。
按量纲划分
可分为：①实物量指标，如水土流失量；②价值量指标，如污染损失金额指标；③指数形式指标，如生态经济效益指数。
按时间划分
可分为：短期指标（1年以内）、中期指标（1～5年）和长期指标（ 5～50年）。指标时间的长短应根据对象系统的活动周期决定。例如，森林生态经济系统周期长，一般采用长期指标。为了兼顾近期与长期利益,在计算中、长期指标时,可以采用贴现的办法将各年输入、输出量统一折算为现值（见时间优惠率），以利于方案比较。