对于病毒的理化性质和基因组结构仅为粗略地了解。主要病毒RNA分子由一个5~6kb的LTR（长末端重复序列）到LTR转录子所组成，大部分因子额外地包裹一个寄主来源的引物导引tRNA。在大部分因子中转录子编码1~2个ORF，编码类似于逆转录病毒的
gag与
pol基因，第二个基因的表达量低于第一个基因。在病毒纯化物中，除了RNA外还有许多DNA（中间体），正义RNA约5~8kb，具帽子结构，并且聚腺苷酸化，DNA长约5.5~5.9kb。线性ssRNA在病毒粒子中，线性dsDNA的“前体病毒”整合在基因组当中。基因组DNA形式由编码的两个LTR与中心的编码区所组成，根据RNA形式与DNA形式的末端之间关系，LTR序列可划分成U3、R、U5三个片段，U3区域存在于RNA的3'端，R区域在RNA中有重复，U5区域存在于RNA的5'端。
gag于
pol两个基因的最初翻译产物都要经逆转录转座子蛋白酶的剪切加工，已知的
gag基因编码蛋白包括类似于逆转录病毒的外壳蛋白和核衣壳蛋白，
pol基因编码蛋白包括蛋白水解酶（PR）、整合酶（IN）、逆转录酶/RNA酶（RT-RH）。所以这些蛋白对于病毒复制都是必需的。