语言学家对于中美印第安语所知不多，语系的划分很不一致。有的语言学家划分的语系多达20个以上。玛雅语系是中美各语系中最大的。中美印第安语语音多样化的情况很突出不同的语言分别具有如下一些特点:有清边擦音lh、边塞擦音tl、后软腭塞音 q、词首和词尾辅音丛。此外，所有中美印第安语中的浊擦音正趋于消失。语法系统也各有特点。有的语言学家把中美印第安语分为 A、B、C三大类：A类语言的主要代表是奥托-曼格安诸语言，其特点是句子结构向右扩展（修饰语在被修饰语后面），综合程度较低，使用前缀和前置词，罕用复合构词法构词B类的主要代表是玛雅诸语言、阿滋特克语等，属中间类型、中等综合型。句子结构通常向左扩展（修饰语在被修饰语之前）C类的主要代表是塔拉斯科语、托托纳克语等，属高度综合型，句子结构向左扩展，大量使用后缀和后置词，用语音交替构成派生或屈折变化。