单分体基因组,为单分子线形正义ssRNA,长约5.3~5.9kb,其3‘端既无Poly(A),也无类似tRNA结构,马铃薯卷叶病毒属和耳突花叶病毒属RNA的5'端具有一个VPg结构,黄症病毒属的RNA 5'端无VPg。基因组含有5~6个ORF,编码产物大小在4~84kDa之间。黄症病毒属的ORF 1与马铃薯卷叶病毒属对应ORF无同源性,马铃薯卷叶病毒属和耳突花叶病毒属含有ORF 0,编码可能的膜连接蛋白,而黄症病毒属缺乏ORF 0。ORF 4只存在于黄症病毒属和马铃薯卷叶病毒属基因组中。马铃薯卷叶病毒属和耳突花叶病毒属的ORF 0与ORF 1重叠,ORF 2又与ORF 1重叠,黄症病毒属和马铃薯卷叶病毒属的ORF 4完全处在ORF 3之中,三个属的ORF 5都毗邻于ORF 3的下游,可能翻译外壳蛋白超读产物。黄症病毒属在3'端还有一个额外的ORF 6,可能从另一个亚基因组RNA 2表达。除了ORF 0、ORF 1 和ORF 2从基因组RNA翻译外,ORF 3、ORF 4和ORF 5均从亚基因组RNA 1表达。