清代，旧历每月逢一、二、九、十开庙（1930年起改用阳历）每月开庙十二天或十三天。每逢庙期，人流如海，士女云集。上至在附近王府居住的贵族、东交民巷使馆区的外国人，下至贫苦市民和近郊农民都不约而同地到此赶庙。人们可以买到各式各样的土特产品，吃到各种北京地方风味小吃，还可以观看北京的民间戏曲。据清代《北京竹枝词》说，全盛时期“一日能消百万钱”。

清嘉庆写于二十二年的《草珠一串》载：“东西两庙货真全。一日能销百万钱，多少贵人闲至此，衣香犹带御炉烟”。说明当时隆福寺庙会繁荣的光景。而真正的繁荣是在清末时期，即光绪二十七年（1901年），隆福寺庙宇毁于火。烧毁天王殿后，迄未重修。庙中喇嘛将地皮按块租给摊商，收取地皮费，名为香钱。那时，庙会已改为逢每月一、二、九、十日开市。这个处在内城中心区，居民密集，最大的隆福寺庙会与西城护国寺庙会东西对应，被称为东庙与西庙，形成城区两大杂品市场。经营品种上至绸缎布匹，下至花鸟鱼虫，无所不有，当然小吃品种更是遍布庙会各个角落。但多数小吃摊商，还是集中在庙会西侧，这里有残存西配殿，一些卖茶汤、油炒面、豆汁、杏仁茶等流食的小座商在此还设有座位，桌上铺有洁白桌布，门脸上悬挂白布帘，这在当时的庙会上，卫生条件算是一流的了。可别小看这些小座商、摊商、推车和担担者，其中不乏精工细致，饶有风味品种。如扒糕、灌肠、炸丸子、羊霜肠、爆羊肚、驴打滚、吊炉烧饼、馄饨等等，以现在技术水平衡量，亦称上乘。不少老北京市民特意到庙会吃上一盘、豌豆黄、灌肠，以饱口福。

进山门后，中轴线上依次为：钟、鼓二楼、天王殿（韦陀殿），光绪二十七年（1901年）番僧不慎，毁于大火。

第二层殿建立在有三层汉白玉的栏杆围成的高台上，人们称之为“栏杆殿”。内供奉释迦牟尼等三世佛。

第三层殿为万善殿，供奉三大士——观音、文殊、普贤三尊菩萨。左侧为藏经殿，据说当年藏有一百零八部藏经，比雍和宫藏经还多。

第四层殿是毗卢殿，供奉毗卢佛一尊，座上的每一莲瓣均刻一佛，谓之“万佛绕毗卢”。

第五层殿是金刚殿，供奉金刚护法佛铜像。

第六层殿是大法殿，即后楼。

市场货位排列是一进山门卖簸箕、笸箩、竹柳什物、炊事用具等山货。前殿内大部是卖古玩、珠宝的摊商。凡珍珠、玛瑙、翡翠、珊瑚、宝石、陶瓷、古铜、雕漆、珐□等一应俱全。二院以后则是卖日用百货、衣服鞋帽（包括估衣）、首饰、布匹、儿童玩具。其中著名的有：王麻子的刀剪；金象张的梳头篦子；钢刀刘的茶果刀；三合局的假发结。后院（塔院）则是小吃摊子和小戏棚子，中间夹杂有相面、算卦，卖野药的摊子。

小吃摊上卖的均是北京地方所特有的灌肠、扒糕、凉粉、茶汤、油茶之类。其中最著名的是本庙喇嘛郗德拉的豆汁，据说他的豆汁漂得净、发得好，所配卖的焦圈油果和芝麻酱烧饼也超过其它摊贩。庙夹道有鸟市。卖鸽子、鹌鹑、各种鸟禽、金鱼、蝈蝈、蟋蟀……种类繁多，应有尽有。清人杨静亭在《都门杂□》中说“细自鹪鹩大至鹤，买来除却凤凰无。”庙的四周，尤其是前后门临时摊贩和流动商贩赶档子的甚多，主要是卖吃食和儿童玩具。如：小枣的豌豆黄、“驴打滚儿”（豆面糕）、纸制小花篮、泥头纸身能自由伸缩的小长虫，春节期间与节年临时庙会相同，也有风车、大糖葫芦、空竹、扑扑登儿等。