防治灰地种蝇和葱地种蝇以农业防治为主，药剂防治为辅。防治萝卜地种蝇和毛尾地种蝇以化学防治为主。
农业防治
(1) 提早翻耕土地。春耕应在土地开冻后及时进行。
(2) 精选蒜种、韭根或种子催芽处理。选用无虫韭根，选用饱满无霉无破伤的蒜瓣做种，并剥皮栽植，以缩短烂母子时间。瓜类、豆类在播种前要进行催芽处理。
(3) 合理施肥。禁止使用生粪做肥料，施用腐熟的粪肥和饼肥，施肥时做到均匀、深施，最好做底肥，且种、肥隔离。或施肥后立即覆土，或在施入的粪肥中拌入一定量的具有触杀和熏蒸作用的杀虫剂作成毒粪。作物生长期内不追施稀粪。
(4) 科学灌水。浇水播种时覆土要细致，不使湿土外露。在葱、蒜烂母子时大水勤浇，缩短烂母子时间。发现葱地种蝇幼虫为害时，及时进行大水漫灌数次，可有效控制蛆害。
(5) 清洁田园。葱、蒜收获后及时清除田间残株落叶，特别是腐烂的茎、叶。
诱杀成虫
用伤残蒜瓣250 g，加1：10晶体敌百虫稀释液1kg配成诱液，置于田间诱集葱地种蝇成虫。
化学防治
(1) 土壤处理。在地蛆重发区，作物播种或定植前，可用3%米乐尔颗粒剂或5%
益舒宝（丙线磷）颗粒剂30 kg/hm2，5%
西维因（
甲萘威）粉剂22.5～37.5 kg/hm2，40%甲基异柳磷乳油2.25 L/hm2，50%辛硫磷乳油3 L/hm2，拌300～375 kg细土撒施播种沟(穴)内，然后播种或毒土盖种。
(2) 喷雾防治常用药剂有：1.8%阿维菌素乳油、21%增效氰·马乳油、5%高效灭百可（顺式氯氰菊酯）乳油、2.5%溴氰菊酯乳油3 000倍液，5%氟虫脲乳油、75%灭蝇胺可湿性粉剂、50%地蛆灵乳油、10%溴·马乳油2 000倍液，40%乐果乳油1 000倍液。
(3) 浇灌或灌根。当发现幼虫为害时，用80%
敌敌畏乳油、90%晶体敌百虫、50%
辛硫磷乳油、48%毒死蜱乳油、25%增效
喹硫磷乳油、40%乐果乳油、50%
马拉硫磷1 000倍液，或用50%地蛆灵乳油1 500倍液浇灌。可用去掉雾化片的喷雾器沿葱、蒜根头或韭墩灌入土中。瓜类和豆类营养钵定植时，用50%马拉硫磷乳油2 000倍液作“定根”水，均有良好防效。
