七年，从王珍援江西，迭捷於临江、吉安、乐安、新城、广昌，功皆最。王珍卒于军，运兰与王开化分领其众。吉安贼窥永丰，运兰屡败之，擢知府。又破贼於峡江桥阜滩、狮子山。移军吉水，扼贼三曲滩，相持数日，血战十数次，斩贼渠黄锡昆。渡赣江，破石达开於朱山桥，达开焚屯而遁，遂解永丰围，擢道员。八年，略定乐安、宜黄，逼建昌，败贼于厚坪。破水南贼巢，分剿南源、里塔墟、刘家坑，直捣谢坑，毁贼垒，斩其酋廖雄篙等，复南丰。建昌之围始合，五月，克之，加按察使衔。贼复犯南丰，击走之，追及新城杭山，降贼众数千。
时诏起曾国藩督师规浙江，国藩行次江西，贼已入闽，疏调运兰及萧启江率所部从。会贼陷安仁，别将失利，运兰进击，大破之，歼贼数千，克安仁，赐号克图格尔依巴图鲁。由杉关进剿破贼顺昌，回援景德镇，战於李村，斩馘二千馀，解散千计。九年，援饶州，败贼于栗树山，克浮梁，加布政使衔。是年秋，粤匪犯湖南宝庆，运兰回援，叠破贼於宜章、星子、市禾洞，追至广东连州，破九陂、石塘、白虎墟贼巢，殄贼逾万，授开归陈许道。十年，曾国藩军祁门，运兰偕鲍超破贼黟、歙。十一年，克休宁，擢福建按察使。再复黟县，尽夷贼垒。时运兰统五千人防徽州，寻移防宁国，值大疫，悍贼麕集，与霆军力拒之。同治元年，拔旌德。二年，命援广东，捣阳山石茔贼巢，降其众三千，擒巨酋李复猷于连州。