吕经生于明成化十一年（1475年），卒于嘉靖二十三年（1544年）。幼时，家境贫寒，以樵采养母。有一天，吕经挑着柴禾回家。看见路上有一块黄金，于是放下挑子，守金待主。天色将晚时，有一人恸哭而来，寻找遗金，吕经问明情况后还给金子。失者感激不尽，要分给他一半黄金，被他婉言谢绝。吕经品德高尚，勤奋好学。弘治十四年（1501）中举，正德三年（1508年）中进士，后授礼科给事中，官至右副都御史。

正德九年，他以乾清宫之灾，上疏朝廷，指出当时统治集团内部的义子、番僧、边帅给国家造成的危害，提出革除弊政，杜绝乱源的主张，升为礼科都给事中。接着他复上言，批评指责马昂的妹妹被选入宫一事，并弹劾4名最贪暴的地方大僚，被权奸陷害，遂贬为蒲州同知。不久，又因得罪了宦官黄玉，被诬劾入狱。

明世宗即位，嘉靖改元，吕经以忠直守正仍复吏科。不久，被提拔为山东参政，以擒暴乱首领王堂得嘉靖帝钦赏金币，连续升为四川按察使，云南布政使。嘉靖十三年（1534年）升为都察院右副都御史，巡抚辽东。在此期间，革除旧制，削减军队余丁，回收军马草地，以减轻人民负担。具体做法是将原供养一个军士收三丁的赋税供给削减为一丁，并将原拨给每匹军马50亩牧草地收归地方，还派兵修筑长城。由于操之过急，督促过当，激起了军队的不满，终于酿成一场兵乱。乱兵殴官吏，毁府门，烧均徭册籍，并于幽室中搜得吕经，毁其衣冠，囚之都司署内。这时，监军的宦宫王纯又借此给吕经编造了11条罪状，上奏朝廷，吕经被捕下狱，流放茂州。后九庙告成，诏释家居，教子撰书，著述多种。嘉靖二十三年十月（1544年）病卒，年69岁。穆宗即位，诏复右副都御史。