2001年（平成13年）1月6日 - 根据厚生劳动省设置法（平成11年法律第97号）设立厚生劳动省，并废除厚生省和劳动省。日本的医疗、劳动政策、社会保险、公积金、旧的陆军省和海军省的残留的行政都是厚生劳动省所负责的。

厚生劳动省（Ministry of Health，Labour and Welfare）是日本负责医疗卫生和社会保障的主要部门。厚生劳动省设有11个局，主要负责日本的国民健康、医疗保险、医疗服务提供、药品和食品安全、社会保险和社会保障、劳动就业、弱势群体社会救助等职责。在卫生领域，其涵盖了我们的卫生部、食品药品监管局、国家发展改革委的医疗服务和药品价格管理、劳动社保部的医疗保险、民政部的医疗救助、国家质检总局的国境卫生检疫等部门的相关职能。这样的职能设置，可以使主管部门能够通盘考虑卫生系统的供需双方、筹资水平和费用控制、投资与成本等各方面的情况，形成整体方案。所以，厚生大臣就是具体负责厚生劳动省各项工作的领导者，级别相当于我国的卫生部、劳动和社会保障部部长。