中日植物区系有银杏（浙江）、杉（中国西南）、水松（广东省）、沙木（中国东南及台湾）、金松（日本）、亚杉（云南及台湾）、连香树（四川及日本）、山车（日本及台湾）、水青树（中国）、昆栏树（四川和日本）等原始类型的树木。杜仲、棣棠花、枳椇、八角金盘、青木、珙和日本泡桐等也是固有属。亚热带林的樟、温带林的石栎、栎、储和犬樟诸属；落叶乔木林的樱、枫、桦、鹅耳枥、枹和椈诸属（土质瘠薄地方则有松属）；常绿针叶林的白桧、栂、云杉以及落叶的落叶松等属都是主要的树种。在高山带，由深山赤杨、岳桦以及偃松的类缘种形成的落叶林与北美和欧洲的区系相似，但种不同。森林下的石南、百合；高山带的马先蒿、樱草等属，种的分化显著，为许多园艺种的原产地。 A．Gray （1859）曾提出该区系与北大西洋沿岸区系有明显的相似处，早巳被公认。除了上述各属都有其相对应种以外，在百合木、美国檫树及紫树等明显的表现着隔离分布。在喜马拉雅、台湾及日本等的高山带有堇菜、金蜡梅、肾叶酸模、单花萝蒂以及斑叶兰等，与阿尔卑斯、高加索和北美是一致的，说明有极地高山因素。本区系可细分为中国东北、中国北部、日本北部、日本南部-朝鲜、中国南部、中国西南部以及西藏- 喜马拉雅等地方。