APG系统下设分类包括40个目和462个科，下列表中开始部分是没有分到任何一个分支内的科或目。有的科分布地域非常狭小或新分出的科，尚未有通用的汉语译名。
被子植物分支 angiosperms
无油樟科 Amborellaceae
木兰藤科 Austrobaileyaceae
白桂皮科 Canellaceae
金粟兰科 Chloranthaceae
菌花科 Hydnoraceae
八角茴香科 Illiciaceae
睡莲科 Nymphaeaceae + 莼菜科 Cabombaceae
大花草科 Rafflesiaceae
五味子科 Schisandraceae
腺齿木科 Trimeniaceae
林仙科 Winteraceae
金鱼藻目 Ceratophyllales
金鱼藻科 Ceratophyllaceae
樟目 Laurales
香皮茶科 Atherospermataceae
腊梅科 Calycanthaceae
腺蕊花科 Gomortegaceae
莲叶桐科 Hernandiaceae
樟科 Lauraceae
杯轴花科 Monimiaceae
坛罐花科 Siparunaceae
木兰目 Magnoliales
番荔枝科 Annonaceae
单室木兰科 Degeneriaceae
帽花木科 Eupomatiaceae
舌蕊花科 Himantandraceae
木兰科 Magnoliaceae
肉豆蔻科 Myristicaceae
胡椒目 Piperales
马兜铃科 Aristolochiaceae
短蕊花科 Lactoridaceae
胡椒科 Piperaceae
三白草科 Saururaceae
单子叶植物分支 monocots
白玉簪科 Corsiaceae
樱井草科 Japonoliriaceae
纳茜菜科 Nartheciaceae
无叶莲科 Petrosaviaceae
霉草科 Triuridaceae
菖蒲目 Acorales
菖蒲科 Acoraceae
泽泻目 Alismatales
泽泻科 Alismataceae
水蕹科 Aponogetonaceae
天南星科 Araceae
花蔺科 Butomaceae
丝粉藻科 Cymodoceaceae
水鳖科 Hydrocharitaceae
水麦冬科 Juncaginaceae
黄花绒叶草科 Limnocharitaceae
波喜荡草科 Posidoniaceae
眼子菜科 Potamogetonaceae
川蔓藻科 Ruppiaceae
芝菜科 Scheuchzeriaceae
岩菖蒲科 Tofieldiaceae
大叶藻科 Zosteraceae
天门冬目 Asparagales
百子莲科 Agapanthaceae
龙舌兰科 Agavaceae
葱科 Alliaceae
石蒜科 Amaryllidaceae
知母科 Anemarrhenaceae
吊兰科 Anthericaceae
星捧月科 Aphyllanthaceae
天门冬科 Asparagaceae
独尾草科 Asphodelaceae
芳香草科 Asteliaceae
非洲菝葜科 Behniaceae
香水花科 Blandfordiaceae
澳韭兰科 Boryaceae
铃兰科 Convallariaceae
矛花科 Doryanthaceae
萱草科 Hemerocallidaceae
异菝葜科 Herreriaceae
风信子科 Hyacinthaceae
仙茅科 Hypoxidaceae
鸢尾科 Iridaceae
鸢尾蒜科 Ixioliriaceae
毛石蒜科 Lanariaceae
异蕊草科 Laxmanniaceae
兰科 Orchidaceae
蓝星科 Tecophilaeaceae
紫灯花科 Themidaceae
刺叶树科 Xanthorrhoeaceae
血剑草科 Xeronemataceae
薯蓣目 Dioscoreales
水玉簪科 Burmanniaceae
薯蓣科 Dioscoreaceae
蒟蒻薯科 Taccaceae
肉质腐生科 Thismiaceae
毛柄花科 Trichopodaceae
百合目 Liliales
六出花科 Alstroemeriaceae
金梅草科 Campynemataceae
秋水仙科 Colchicaceae
百合科 Liliaceae
菝葜木科 Luzuriagaceae
黑药花科 Melanthiaceae
垂花科 Philesiaceae
菝葜藤科 Rhipogonaceae
菝葜科 Smilacaceae
露兜树目 Pandanales
环花草科 Cyclanthaceae
露兜树科 Pandanaceae
百部科 Stemonaceae
翡若翠科 Velloziaceae
鸭跖草分支 commelinoids
阿波波达草科 Abolbodaceae
凤梨科 Bromeliaceae
多须草科 Dasypogonaceae
匍茎草科 Hanguanaceae
苔草科 Mayacaceae
偏穗草科 Rapateaceae
槟榔目 Arecales
槟榔科 Arecaceae
鸭跖草目 Commelinales
鸭跖草科 Commelinaceae
血皮草科 Haemodoraceae
田葱科 Philydraceae
雨久花科 Pontederiaceae
禾本目 Poales
苞穗草科 Anarthriaceae
刺鳞草科 Centrolepidaceae
莎草科 Cyperaceae
二柱草科 Ecdeiocoleaceae
谷精草科 Eriocaulaceae
须叶藤科 Flagellariaceae
独蕊草科 Hydatellaceae
拟苇科 Joinvilleaceae
灯心草科 Juncaceae
禾本科 Poaceae
袖珍棕榈科 Prioniaceae
帚灯草科 Restionaceae
黑三棱科 Sparganiaceae
梭子草科 Thurniaceae
香蒲科 Typhaceae
黄眼草科 Xyridaceae
姜目 Zingiberales
美人蕉科 Cannaceae
闭鞘姜科 Costaceae
蝎尾蕉科 Heliconiaceae
兰花蕉科 Lowiaceae
竹芋科 Marantaceae
芭蕉科 Musaceae
鹤望兰科 Strelitziaceae
姜科 Zingiberaceae
真双子叶植物分支 eudicots
黄杨科 Buxaceae
双颊果科 Didymelaceae
清风藤科 Sabiaceae
昆栏树科 Trochodendraceae + 水青树科 Tetracentraceae
山龙眼目 Proteales
莲科 Nelumbonaceae
悬铃木科 Platanaceae
山龙眼科 Proteaceae
毛茛目 Ranunculales
小檗科 Berberidaceae
星叶草科 Circaeasteraceae + 独叶草科 Kingdoniaceae
领春木科 Eupteleaceae
木通科 Lardizabalaceae
防己科 Menispermaceae
罂粟科 Papaveraceae + 荷包牡丹科 Fumariaceae+ 蕨叶草科 Pteridophyllaceae
毛茛科 Ranunculaceae
核心真双子叶植物分支 core eudicots
鳞枝树科 Aextoxicaceae
智利藤科 Berberidopsidaceae
五桠果科 Dilleniaceae
洋二仙草科 Gunneraceae
香灌木科 Myrothamnaceae
葡萄科 Vitaceae
石竹目 Caryophyllales
玛瑙果科 Achatocarpaceae
番杏科 Aizoaceae
苋科 Amaranthaceae
钩枝藤科 Ancistrocladaceae
翼萼茶科 Asteropeiaceae
落葵科 Basellaceae
仙人掌科 Cactaceae
石竹科 Caryophyllaceae
龙树科 Didiereaceae
双钩叶科 Dioncophyllaceae
茅膏菜科 Droseraceae
露叶毛毡苔科 Drosophyllaceae
瓣鳞花科 Frankeniaceae
粟米草科 Molluginaceae
猪笼草科 Nepenthaceae
紫茉莉科 Nyctaginaceae
非洲桐科 Physenaceae
商陆科 Phytolaccaceae
蓝雪科 Plumbaginaceae
蓼科 Polygonaceae
马齿苋科 Portulacaceae
棒木科 Rhabdodendraceae
肉叶刺茎藜科 Sarcobataceae
油蜡树科 Simmondsiaceae
闭籽花科 Stegnospermataceae
柽柳科 Tamaricaceae
檀香目 Santalales
铁青树科 Olacaceae
山柚子科 Opiliaceae
桑寄生科 Loranthaceae
羽毛果科 Misodendraceae
檀香科 Santalaceae
虎耳草目 Saxifragales
枫香科 Altingiaceae
连香树科 Cercidiphyllaceae
景天科 Crassulaceae
交让木科 Daphniphyllaceae
茶藨子科 Grossulariaceae
小二仙草科 Haloragaceae
金缕梅科 Hamamelidaceae
鼠刺科 Iteaceae
芍药科 Paeoniaceae
扯根菜科 Penthoraceae
齿蕊科 Pterostemonaceae
虎耳草科 Saxifragaceae
四果木科 Tetracarpaeaceae
蔷薇分支 rosids
单果树科 Aphloiaceae
燧体木科 Crossosomataceae
西兰木科 Ixerbaceae
刺球果科 Krameriaceae
美洲苦木科 Picramniaceae
川苔草科 Podostemaceae
旌节花科 Stachyuraceae
省沽油科 Staphyleaceae
三裂科 Tristichaceae
蒺藜科 Zygophyllaceae
牻牛儿苗目 Geraniales
花茎草科 Francoaceae
牻牛儿苗科 Geraniaceae + 高柱花科 Hypseocharitaceae
鞘叶树科 Greyiaceae
杜香果科 Ledocarpaceae
蜜花科 Melianthaceae
曲胚科 Vivianiaceae
I类真蔷薇分支 eurosids I
卫矛科 Celastraceae
蒜树科 Huaceae
梅花草科 Parnassiaceae + 微形草科 Lepuropetalaceae
木根草科 Stackhousiaceae
葫芦目 Cucurbitales
四柱木科 Anisophylleaceae
秋海棠科 Begoniaceae
马桑科 Coriariaceae
棒果木科 Corynocarpaceae
葫芦科 Cucurbitaceae
野麻科 Datiscaceae
四数木科 Tetramelaceae
豆目 Fabales
豆科 Fabaceae
远志科 Polygalaceae
皂皮树科 Quillajaceae
海人树科 Surianaceae
壳斗目 Fagales
桦木科 Betulaceae
木麻黄科 Casuarinaceae
山毛榉科 Fagaceae
胡桃科 Juglandaceae
杨梅科 Myricaceae
南青冈科 Nothofagaceae
马尾树科 Rhoipteleaceae
太果木科 Ticodendraceae
金虎尾目 Malpighiales
钟花科 Achariaceae
槲树果科 Balanopaceae
油桃木科 Caryocaraceae
金壳果科 Chrysobalanaceae
藤黄科 Clusiaceae
毒鼠子科 Dichapetalaceae
古柯科 Erythroxylaceae
大戟科 Euphorbiaceae
合丝花科 Euphroniaceae
大风子科 Flacourtiaceae
毛药树科 Goupiaceae
亚麻藤科 Hugoniaceae
香膏科 Humiriaceae
金丝桃科 Hypericaceae
包芽树科 Irvingiaceae
粘木科 Ixonanthaceae
裂药花科 Lacistemataceae
亚麻科 Linaceae
王冠草科 Malesherbiaceae
金虎尾科 Malpighiaceae
水母柱科 Medusagynaceae
金莲木科 Ochnaceae
小盘木科 Pandaceae
西番莲科 Passifloraceae
非洲核果木科 Putranjivaceae
羽叶树科 Quiinaceae
红树科 Rhizophoraceae
杨柳科 Salicaceae
杯盖花科 Scyphostegiaceae
三角果科 Trigoniaceae
时钟花科 Turneraceae
堇菜科 Violaceae
酢浆草目 Oxalidales
土瓶草科 Cephalotaceae
牛栓藤科 Connaraceae
火把树科 Cunoniaceae
杜英科 Elaeocarpaceae
酢浆草科 Oxalidaceae
孔药花科 Tremandraceae
蔷薇目 Rosales
钩毛树科 Barbeyaceae
大麻科 Cannabaceae
伞树科 Cecropiaceae
朴科 Celtidaceae
八瓣果科 Dirachmaceae
胡颓子科 Elaeagnaceae
桑科 Moraceae
鼠李科 Rhamnaceae
蔷薇科 Rosaceae
榆科 Ulmaceae
荨麻科 Urticaceae
II类真蔷薇分支 eurosids II
瘿椒树科 Tapisciaceae
十字花目 Brassicales
叠珠树科 Akaniaceae + 钟萼木科 Bretschneideraceae
藜木科 Bataceae
十字花科 Brassicaceae
番木瓜科 Caricaceae
澳远志科 Emblingiaceae
环蕊科 Gyrostemonaceae
刺枝树科 Koeberliniaceae
池花科 Limnanthaceae
辣木科 Moringaceae
瘤药树科 Pentadiplandraceae
木犀草科 Resedaceae
刺茉莉科 Salvadoraceae
夷白花菜科 Setchellanthaceae
烈味三叶草科 Tovariaceae
旱金莲科 Tropaeolaceae
锦葵目 Malvales
红木科 Bixaceae + 弯子木科 Cochlospermaceae
半日花科 Cistaceae
地果莲木科 Diegodendraceae
龙脑香科 Dipterocarpaceae
锦葵科 Malvaceae
文定果科 Muntingiaceae
沙莓科 Neuradaceae
旋花树科 Sarcolaenaceae
球萼树科 Sphaerosepalaceae
瑞香科 Thymelaeaceae
桃金娘目 Myrtales
双翼果科 Alzateaceae
使君子科 Combretaceae
隐翼科 Crypteroniaceae
异裂果科 Heteropyxidaceae
千屈菜科 Lythraceae
野牡丹科 Melastomataceae
谷木科 Memecylaceae
桃金娘科 Myrtaceae
方枝树科 Oliniaceae
柳叶菜科 Onagraceae
管萼科 Penaeaceae
裸木科 Psiloxylaceae
喙萼花科 Rhynchocalycaceae
蜡烛树科 Vochysiaceae
无患子目 Sapindales
漆树科 Anacardiaceae
薰倒牛科 Biebersteiniaceae
橄榄科 Burseraceae
番苦木科 Kirkiaceae
楝科 Meliaceae
白刺科 Nitrariaceae + 骆驼蓬科 Peganaceae
芸香科 Rutaceae
无患子科 Sapindaceae
苦木科 Simaroubaceae
菊分支 asterids
山茱萸目 Cornales
山茱萸科 Cornaceae + 珙桐科 Nyssaceae
假石南科 Grubbiaceae
绣球花科 Hydrangeaceae
水穗草科 Hydrostachyaceae
刺莲花科 Loasaceae
杜鹃花目 Ericales
猕猴桃科 Actinidiaceae
凤仙花科 Balsaminaceae
山柳科 Clethraceae
翅萼树科 Cyrillaceae
岩梅科 Diapensiaceae
柿树科 Ebenaceae
杜鹃花科 Ericaceae
福桂花科 Fouquieriaceae
银钟花科 Halesiaceae
玉蕊科 Lecythidaceae
蜜囊花科 Marcgraviaceae
紫金牛科 Myrsinaceae
假红树科 Pellicieraceae
花荵科 Polemoniaceae
报春花科 Primulaceae
捕蝇幌科 Roridulaceae
山榄科 Sapotaceae
瓶子草科 Sarraceniaceae
野茉莉科 Styracaceae
山矾科 Symplocaceae
厚皮香科 Ternstroemiaceae
四籽树科 Tetrameristaceae
山茶科 Theaceae
假轮叶科 Theophrastaceae
I类真菊分支 euasterids I
紫草科 Boraginaceae
环生籽科 Plocospermataceae
二歧草科 Vahliaceae
绞木目 Garryales
桃叶珊瑚科 Aucubaceae
杜仲科 Eucommiaceae
绞木科 Garryaceae
五蕊茶科 Oncothecaceae
龙胆目 Gentianales
夹竹桃科 Apocynaceae
胡蔓藤科 Gelsemiaceae
龙胆科 Gentianaceae
马钱科 Loganiaceae
茜草科 Rubiaceae
唇形目 Lamiales
爵床科 Acanthaceae
海榄雌科 Avicenniaceae
紫葳科 Bignoniaceae
醉鱼草科 Buddlejaceae
腺毛草科 Byblidaceae
盘果木科 Cyclocheilaceae
苦苣苔科 Gesneriaceae
唇形科 Lamiaceae
狸藻科 Lentibulariaceae
苦槛蓝科 Myoporaceae
木犀科 Oleaceae
泡桐科 Paulowniaceae
胡麻科 Pedaliaceae + 角胡麻科 Martyniaceae
透骨草科 Phrymaceae
车前科 Plantaginaceae
夷地黄科 Schlegeliaceae
玄参科 Scrophulariaceae
密穗草科 Stilbaceae
四粉草科 Tetrachondraceae
马鞭草科 Verbenaceae
茄目 Solanales
旋花科 Convolvulaceae
田基麻科 Hydroleaceae
山醋李科 Montiniaceae
茄科 Solanaceae
楔瓣花科 Sphenocleaceae
II类真菊分支 euasterids II
五福花科 Adoxaceae
鳞叶树科 Bruniaceae
香茜科 Carlemanniaceae
弯药树科 Columelliaceae + 离水花科 Desfontainiaceae
寄奴花科 Eremosynaceae
南鼠刺科 Escalloniaceae
茶茱萸科 Icacinaceae
多香木科 Polyosmaceae
楔蕊花科 Sphenostemonaceae
智利木科 Tribelaceae
伞形目 Apiales
伞形科 Apiaceae
五加科 Araliaceae
假茱萸科 Aralidiaceae
夷茱萸科 Griseliniaceae
番茱萸科 Melanophyllaceae
海桐花科 Pittosporaceae
鞘柄木科 Torricelliaceae
冬青目 Aquifoliales
冬青科 Aquifoliaceae
青荚叶科 Helwingiaceae
叶茶藨科 Phyllonomaceae
菊目 Asterales
假海桐科 Alseuosmiaceae
雪叶科 Argophyllaceae
菊科 Asteraceae
头花草科 Calyceraceae
桔梗科 Campanulaceae + 半边莲科 Lobeliaceae
腕带花科 Carpodetaceae
陀螺果科 Donatiaceae
草海桐科 Goodeniaceae
睡菜科 Menyanthaceae
五膜草科 Pentaphragmataceae
石冬青科 Phellinaceae
卢梭木科 Rousseaceae
花柱草科 Stylidiaceae
川续断目 Dipsacales
忍冬科 Caprifoliaceae
黄锦带科 Diervillaceae
川续断科 Dipsacaceae
北极花科 Linnaeaceae
刺续断科 Morinaceae
败酱科 Valerianaceae
