一开始的画面就是鸣人和他的一大堆分身和一只叫魍魉的紫黑色怪物决斗。鸣人他很灵巧地砍掉怪物的几只手脚，然后冲向怪物的中心。 突然，鸣人发现自己的身体浮在半空中动不了，视线变得有些模糊。一滴滴红色液体滴落，原来那只怪物的其中一只爪子穿过了鸣人的身体。鬼之国女巫紫苑大叫着鸣人的名字，然后鸣人一动不动，死了……
一副棺材被抬回火影村下葬。小李，小樱，宁次等人很伤心地看着棺材被埋进泥土里。一块墓碑被树立，上面写着：漩涡鸣人之墓…… 然后纲手站在火影办事处的窗口就看远处感叹：“这一切都是命中注定的吗？”
－－－－这里是片头（和TV版预告中一样），这就是女巫的预言。
但是，其实这部影片是采用倒叙的方式。
这之前，黄泉利用八歧大蛇的力量，创造了忍者不死军团，并要求弥勒（紫苑的妈妈，前代女巫）和他联手，但弥勒拒绝了，最后八歧大蛇的灵魂被弥勒封印在鬼之国的地下宫殿，肉体被封印在沼之国的祠堂（一个火山洞）。
黄泉带着四个手下解开了一个叫魍魉的怪物的封印，并割开自己的肚皮让那个怪物附在自己身上从而得到巨大的力量。 封印揭开之后，封印地中的“兵马俑”也因为魔兽的力量而复活了。黄泉带着兵马俑进攻紫苑所在的国家。由于俑像刀枪不入，所以紫苑的部下只好带她逃走，并聘请木叶来帮忙。
然后纲手就派鸣人、小李、小樱、宁次去保护紫苑。因为紫苑是唯一一个能将魍魉封印的人。宁次因为已经是上忍所以担任队长，鸣人对此不满却没有办法。 找到紫苑后大家发现紫苑不但任性而且为人冷漠，面对大家为了保护她而死去她只是说了句：这是他们的命运。他们本来就注定要死的。 鸣人生气冲上去要教训她，然后那个女生突然发现鸣人就是她之前在梦中看见的那个被怪物杀死的男孩。 紫苑的部下告诉鸣人，紫苑的预言是100%准确的。于是鸣人在自己的身上加钢板，但紫苑认为要死的不管你怎么做还是会死。怎么做也没用。
后来鸣人从紫苑手下的口中知道因为紫苑有预知的力量，人们都很怕她。鸣人觉得自己的遭遇和她很相似，开始对她改观。 魍魉派手下杀紫苑，足穗将自己变成紫苑的样子，代替她被杀了。 紫苑明白鸣人是个好人，她不想鸣人死去，所以建议鸣人离开。但鸣人向紫苑承诺自己一定不会死，她也不会死，他要改变命运。紫苑在鸣人的感化下决定向命运作出挑战。 鸣人等人来到魍魉的巢穴，无量的4个手下（他们是4兄弟姐妹，本来忍术平平，在得到八歧大蛇分配的力量后被得超强，能自如使用火水土系等忍术）出来阻止。 于是小樱、宁次、小李对付那几个手下，鸣人带着紫苑继续前进。 来到巢穴的门口，兵马俑再次出现。鸣人利用影分身+螺旋丸与兵马俑对战。紫苑就自己进入洞穴，封印魍魉。 兵马俑人数太多，鸣人开始感到吃力，卡卡西等人及时出现支援。鸣人走进山洞，但魍魉的封印失败了，紫苑被八娱大蛇吸收，但由于弥勒的遗物铃铛使魍魉不能杀死紫苑。 鸣人开始和八歧大蛇对战。紫苑看到预言即将成真，便用法力将时空扭曲，把铃铛挂在鸣人的胸口，保护鸣人不被杀掉。紫苑在失去铃铛后觉醒（铃铛是用来封印紫苑能力的）准备与魍魉同归于尽但鸣人救了她。 鸣人将铃铛放在了螺旋丸的中心。两人一起将特大号的螺旋丸推向魍魉……
结果，当然是正义必胜！
所以说，最后除了魍魉和那些国民及手下。谁也没有死……
战斗结束后，大家一起看着太阳和周围美丽的风景。
======
然后是片尾曲
======
片尾曲结束后，紫苑表示要将自己的这份力量传给下代的巫女，并请鸣人借给她力量。众人立即惊讶地面红。
然后鸣人很高兴地说“要多少力量都借给你” －－－－显然，就他没听明白人家的意思。
而再次复活……这次鸣人的任务是，保护被魔物们盯上的鬼之国的巫女－－紫苑。紫苑拥有两种特殊能力。一种是能够将复活了的魍魉再次封印的能力。而另一种是能够预言他人死亡的能力。