马尼托巴这个名字很可能来自克里(Cree)语“Manitou bou”,意思是“伟大信念的狭湾”,用以形容马尼托巴湖(Lake Manitoba)。该湖中部最窄部分宽度不足一千米。波浪拍打该湖北岸不甚坚固的岩石所发出的声音宛若钟鸣、令人惊奇,原住民认为那是神灵敲击巨鼓所发出的声音。
阿西尼博因印第安人(Assiniboine Indians)是马尼托巴最初的居民。其它第一原住民部族(First Nations)包括游牧的克里族,他们追随野牛群和驯鹿群进行季节性的迁徙。
欧洲人在通过西北通道探寻富裕的东方的过程中,经过哈得逊湾抵达马尼托巴。和加拿大其它许多地方不同,该省北部地区先于南方有人定居。托马斯·巴顿船长(Captain Thomas Button)于1612年将两艘轮船驶入哈得逊湾上的纳尔逊(Nelson)河口过冬。随后,由La Véérendrye率领的一班人在1733年至1738年探查了红河(Red River)和温尼伯河(Winnipeg River)并建起一些前哨。
早期的欧洲人对马尼托巴的兴趣主要集中在毛皮生意上。1670年,哈得逊湾公司(Hudson’s Bay Company)成立,英国国王查尔斯二世授予该公司一大片土地,并命名为鲁珀特地区(Rupert’s Land)。该公司建立毛皮贸易站以剥削当地财富。在18世纪,位于蒙特利尔(Montreal)的西北公司(North West Company)与哈得逊湾公司之间的毛皮贸易霸权竞争不断加剧。
1812年, 英格兰贵族Selkirk派了一批苏格兰高地人定居在他从哈得逊湾公司获得的土地上,从而在该地区红河和阿西尼博因河交汇处建立起第一个欧洲农业殖民地。他称此地区为Assiniboia。Selkirk殖民地遭遇了洪灾和因不熟悉环境而引起的各种问题,以及皮货贸易的竞争。不过,这块殖民地幸存了下来。
Selkirk家族于1836年将Assiniboia转让给哈得逊湾公司。在19世纪60年代末,加拿大自治领(Dominion of Canada)渴望扩张到大西北,提出向哈得逊湾公司购买这块土地。之后进行了哈得逊湾公司土地权转让谈判,但并未充分考虑当地居民的愿望。
在漫长的谈判过程中,由于缺乏协商,以及美国和加拿大移民不断涌入该地区,使得原住民和欧洲移民的混血后裔梅提斯人(Métis)担心其土地权和文化的保存。在Louis Riel的领导下,梅提斯人反对加拿大人在著名的红河叛乱中的提议。Riel于1869年12月成功地建立了地方选举的临时政府。该临时政府的代表与新的加拿大联邦政府谈判,在1870年7月15日,马尼托巴成为加拿大统一主权下的一个省。
新成立的“邮票”省(此称谓源于该省的四方形状和狭小面积)由红河谷方圆36,000平方公里的土地组成。然而,该省并没有始终保持这么小的面积;其边界线曾于1881年和1912年两度扩张。
作为加拿大西部的入口,马尼托巴凭借地处中心位置在之后的50年内发展迅速。借助于铁路的开通,来自加拿大东部和世界各国的大量移民在马尼托巴定居。