通常筑巢在石块间的空隙或陡峭岩壁上的洞穴中，繁殖地会很嘈吵。跟所有冠毛企鹅一样，它们会产下两枚卵，当中的第一枚卵较小，生存机会亦较渺茫。孵卵和哺育由亲鸟轮流负责，但雏鸟长至约两个月大时，父母便要共同出海才能满足小“大胃王”的食欲。
成年雌性马可罗尼企鹅5岁达到性成熟，每年繁育一次，繁育季节不定，但同一个种群会在同一时间进行繁育。孵化大约需要5个星期，孵化职责分为三班，每班时间大致相等。父母双方在卵生成后，雄鸟先行孵化后第一班，雌鸟单独值第二班。当雄鸟返回值第三个班次，雌鸟出海，并不再返回，直到孵出小企鹅。在孵化期间马可罗尼企鹅总是在白天上岸。有时雏鸟孵化后一个星期才可能等到第一次进食。雏鸟在这个阶段每次的平均膳食约200克。随着小企鹅的成长，需要更多的食物来维持增长。企鹅双亲从捕食区到达巢址的距离最少要40公里。随后企鹅群中的小企鹅组成特有的托儿所。雌雄企鹅将继续照顾小企鹅60～70天时间，直到小企鹅能够独立生存。
24天初哺结束时，小马可罗尼企鹅的羽毛已经变成黑灰色，下体及腹部乳白色。该羽毛有特殊的机能，可以使小企鹅在父母双方均离巢捕食时保持自己的体温，这一点很重要，因为小企鹅此时的食量达到1000克左右，父母双方都要去远洋为它们准备足够的食物，此时在繁殖地小企鹅会聚集在一起，这样利于敌御天敌和寒冷的天气。
雏鸟约11周龄时长出防水羽毛和长羽毛。此时还没有成鸟的峰冠，只是有几根散射的小羽毛，也不是黄色的，它们有不同于成鸟的黑褐色鸟喙和棕色眼睛。成年人大约三个星期在海上觅食。小鸟换羽毛持续大约25天，然后和成鸟一起彻底离开繁殖地，在海上度过冬季。
