马代拉河干流支流主要有贝尼(Beni)河、阿布南(Abuna)河、雅西巴拉那(Jaciparana)河、雅马里(Jamari)河、普雷托(Preto)河、伊巴拉那(Jiparana)河、马梅卢斯(Marme-los)河、阿劳亚(Araua)河、阿里普阿南(Aripuana)河、伊加拉苏(Igaracu)河、卡努马(Canuma)河等。
马代拉河主要支流之一的瓜波雷河发源于巴西境内帕内西斯山脉西南侧，是巴西与玻利维亚边界的一部分，该河也叫伊特内斯(Itenez)河，全长1800km，
流域面积60万平方公里，多年平均流量2000立方米/秒，主要支流有阿莱格雷(Alegre)河、韦尔迪(Verde)河、布朗库河、巴拉瓜(Paragua)河、包雷斯(Baures)河[该河还有3条较大支流：布兰科(Blan-co)河、圣华金(San Joaquin)河和圣马丁(San Martin)河汇入]、伊托纳马斯河(Itonamas)河[该河上游叫圣巴巴拉(Santa Barhara)河、中游叫圣米格尔(San Miguel)河]以及坎塔里奥(Cantario)河等。
贝尼(Beni)河是马代拉河中游最大的支流，发源于玻利维亚科恰班巴以西塔帕卡里附近，河流全长1609km，其主要支流马德雷—德迪奥斯(Madre De Dios)河发源于秘鲁库斯科省境内阿塔那亚火山(Ara-laya，海拔4382m)以东大约50km处，河流向东北流，先后有马努(Manu)河、伊南巴里(Irambari)河、皮德拉斯(Piedras)河、坦博帕塔(Tambopata)河、希思(Heath)河等支流汇入，河流全长1100km。贝尼河还有典尔托(Ortho)河和雅塔(Yata)河等较大支流汇入。马代拉河下游主要支流阿里普阿南河发源于巴西马托格罗索州境内北山之西坡大约50km处，其主要支流有卡尼马(Canima)河、瓜里巴(Guariba)河、罗斯福(Roosevelt)河[该河上游叫马克斯(Marques)河]等。若从罗斯福河算起，阿里普阿南河全长1290km。
