车站楼层
香港站设有5层公开开放的部分，其中车站楼层大部分均在国际金融中心的主结构内，国际金融中心商场更与车站出口相连。香港站地面为车站出口、机场快线市区预办登机服务柜台、车站停车场及落客区；L1层主要为车站商店、通道通往车站停车场、机场快线月台、东涌线大堂；L2层为机场快线车站大堂、的士站、机场快线穿梭巴士站、1号月台及预留的2号月台供日后扩建之用；L3层为东涌线大堂及市区线收费区内转乘通道连接德忌利士街大堂与中环站大堂；L4层则为东涌线的3号及4号月台。
另外，南大堂同时设有3层公开开放的部分，包括地面的C出口；L2层车站大堂；及L3层市区线收费区内转乘通道连接东涌线大堂或中环站大堂。
车站大堂
市区预办登机服务大堂，主要为乘客预先办领登机证及付运行李，无须等候机场登机柜台，不过注意的是，乘客是必须预缴车资方可使用此服务。大堂设有航班显示屏、行李寄存服务及车站商店，并与国际金融中心商场相连，乘客得知在此航班资讯，亦可购物及进膳。机场快线大堂与1号月台、机场快线穿梭巴士站及的士站相连，乘客无须拖行行李前往月台，大堂设有行李寄存服务及车站商店，乘客可购物及进膳，才入闸乘坐机场快线列车前往香港国际机场。
东涌线大堂，大堂位于香港站建筑群地底，连接中环站至香港站及香港站建筑群，故成为香港站的核心，由中环站往返东涌线、机场快线月台亦需必经此大堂。而车站亦于德忌利士街地底设有另一个东涌线卫星大堂，位于中环站至香港站转乘通道之间，主要方便乘客前往德辅道中、干诺道中的中环商业区。不过乘客经常把中环站毕打街大堂与此大堂混淆，其实这里只是香港站范围。
车站商店及自助服务 现时，香港站内提供不同类型的商店供乘客购物或进食，例如有7-Eleven便利店、面包糕饼店、快餐店、咖啡店、书店等零售业及恒生银行、医务所及行李寄存等服务。值得一提的是，港铁的收费区是不能进食，因此大部分食肆均不会设在收费区内。
此外，香港站也有不少自助服务设施供乘客享用，包括恒生银行及中国银行（香港）的自动柜员机、自动售卖机、自动照相机等。车站内更设有香港邮政邮箱及“iCentre”免费上网服务设施，方便乘客在车站内投寄邮件及浏览万维网的内容。车站更设有“e分钟著数”机，供乘客购买网上服务及享用港铁友礼会的会员优惠。
港铁于2007年7月在东涌线大堂放置全港首两台
自助客务机（英文：
Self-service Point），协助乘客解决一般的票务问题，如遗失车票和车票或八达通卡未能出闸等问题。此外，客务机更设有视像系统，可由该站的职员协助乘客解决问题。
香港站的市区预办登机服务大堂（G）、商店及餐厅（L1）、机场快线月台（L1）、东涌线大堂（L3）设有免费由电讯盈科提供的Wi-Fi热点，乘客可在候车的时候透过手提电脑或个人数码助理（PDA）存取互联网。另一方面，由于机场快线大堂为旅客而设，因此市区预办登机服务大堂及机场快线大堂的非收费区均设有公众洗手间供乘客使用，而在机场快线月台的收费区内，更设有手提电话充电器供等候列车的乘客使用。
车站月台
香港站共设有3个月台及1个预留月台，各月台均设有月台幕门。现时1号月台是机场快线的月台，以侧式月台设计排列，机场快线列车到达香港站后，必须在此月台同时进行上落客及行李的工作，属港铁系统中较罕有的设计。
1号月台的北面，设有1条路轨侧线，供列车调动及停泊之用，同时预留作未来的2号月台使用，2号月台的开放时间需有待中环第三期填海工程及香港站延展掉车隧道工程完成后，方可进行机场铁路二期的扩建工程，故现时列车只能使用1号月台上落客。
另一方面，位于整个香港站建筑群的底层设有3号及4号月台供东涌线使用，月台以岛式月台排列，以多组扶手电梯及升降机连接东涌线大堂。东涌线于非繁忙时间及假日都会主要停靠3号月台，而繁忙时间往青衣列车主要停靠3号月台，往东涌列车则主要停靠4号月台。
车站出口
香港站设有9个出口，其中A及E出口位于国际金融中心商场第一层内，并连接中区行人天桥系统，以便乘客穿梭中区主要建筑物及购物中心及车站大堂，以及前往中环码头或其他交通工具车站，而B及C出口位于市区预办登机大堂旁，F出口则位于国际金融中心商场地面，方便乘客前往香港站的上落客区及邻近街道。另外，C出口位于德忌利士街大堂，乘客可从C出口直接前往中区近德辅道中一带的建筑物。车站大堂均设有指示牌显示出口周边的建筑物及设施列表。
国际金融中心商场第一层（P1） A - 国际金融中心二期 A1 - 交易广场一及二期 A2 - 巴士总站、中环码头、大会堂、爱丁堡广场、邮政总局、怡和大厦E - 国际金融中心一期 E1 - 国际金融中心一期、香港四季酒店、中环中心E2 - 交易广场三期、巴士总站、恒生银行总行、盈置大厦 国际金融中心（地面） F - 国际金融中心商场 国际金融中心商场 市区预办登机大堂（地面） B - 交易广场一至二期 B1 - 交易广场一及二期、港景街 B2 - 天星码头、中环渡轮码头、大会堂、邮政总局、怡和大厦 D - 交易广场三期 交易广场三期、巴士总站 德忌利士街大堂（L2） C - 德忌利士街 德忌利士街、中国银行（香港）、协成行中心、富邦银行、万宜大厦、中国联合银行、永隆银行