1986年7月18日，当地砖厂在取土时挖出玉石器，经考古人员抢救性发掘
二号坑出土情景
，发现祭祀坑（后被命名为一号祭祀坑），先后清理出玉器、青铜人头像、青铜人面像、跪坐人像、铜戈等青铜器，以及石器、陶器、海贝等，另有金杖、金面罩、虎形箔饰、金块等4件。
二号坑出土情景
同年8月14日，距一号祭祀坑东南约30米处发现二号祭祀坑，发现更多文物：高大、繁缛、精美的青铜尊、罍，各不相同的青铜人头像，大大小小的青铜面具，闪闪发光的金面罩、金面人头像，巨大的铜树，以及玉环、玉璧、玉璋、玉戈、玉管、玉珠等。青铜神树便是其中之一。
转至10月，破旧的青铜神树被装进纸箱放入货车，送进四川省文物考古研究院进行修复，而青铜神树被土层夯实，变形尤为严重。树干断成3截，树枝断成18截，其余的鸟儿、果实碎片多得难以计数。
修复神树的工作一直持续到1996年，杨
修复后的神树
晓邬和他的团队用了10年。
修复后的神树
其中完成神树主要的整体面貌花费了8年，剩下两年是做完善工作。
1997年三星堆博物馆开馆，青铜神树挪至此馆收藏。
2008年汶川大地震中两件陶器被震落摔破，月亮湾城墙遗址轻度受损，镇馆之宝青铜神树没被摇倒。查看录像发现青铜神树当时不停地摇晃，但由于神树被一根银色钢丝绳牢牢地固定在玻璃罩内，底座也用牢固的螺丝钉加固在大理石底座板上，所以没有倒下。但经过检查发现，还是有部分钢丝绳被摇松了。
