崇祯十三年（1640年）考取武进士，担任锦衣卫都指挥使。崇祯十七年（1644年）弘光帝，派他前往镇江防范清军，担任镇江总兵、镇海将军。弘光元年（1645年）郑鸿逵得知清军渡过长江，退往福建，中途于杭州遇见唐王朱聿键，一起回到福建。郑鸿逵打算以朱聿键继任南明皇帝，许多大臣认为应该先击败清军，再考虑即位之事；郑鸿逵表示不快点即位，会有其他人先行称帝。朱聿键因此被拥立为皇帝（隆武帝），郑鸿逵也因这项功劳，受封定虏侯，后来晋升定国公。不久，隆武帝命令郑鸿逵前往浙江进攻清军，郑鸿逵离开仙霞关没多远，就以等待补给为理由，不继续进军。隆武二年（1646年），鲁王朱以海政权被清军击败，郑鸿逵撤退，清军因此占领仙霞关。隆武帝得知消息，撤销郑鸿逵的爵位。十一月，郑芝龙决定投靠清朝，准备前往福州和贝勒博洛见面，郑鸿逵劝说郑芝龙退往海上，郑芝龙不接受。郑鸿逵只好率军前往金门，同时避免郑成功遭郑芝龙挟持，郑鸿逵暗中将他放走。

永历元年（1647年）和郑成功一起围攻泉州，但是清援军抵达，只得放弃围城，郑鸿逵返回白沙（在安海镇）。明年，前往占领揭阳。

永历五年（1651年）郑成功前往广州救援永历帝，郑鸿逵返回厦门防守，遭遇清提督马得功攻陷厦门，郑鸿逵率军阻截马得功后路。马得功以郑鸿逵母亲的性命要胁，因此郑鸿逵放走马得功。郑成功得知消息，严厉责备他，郑鸿逵于是隐居在白沙。

永历八年（1654年）清朝决定和郑成功和谈，并策封郑鸿逵当奉化伯，郑芝龙希望他出面劝说郑成功，接受清朝开出的条件。郑鸿逵认为郑成功抗清意志坚决，不可能说服；自己有脚病，也无心做官，婉拒郑芝龙的请求。

永历十年（1656年）清军进攻白沙，郑鸿逵退往金门。

永历十一年（1657年），在金门去世，享年四十五岁。

郑鸿逵准备前往浙江进攻清军，隆武帝举行祭典为他送行。典礼进行到授与钺给郑鸿逵时，突然刮起一阵风，将台上的匾额吹掉，钺柄因此被砸成两半，朱元璋的神位也被吹倒；郑鸿逵骑马出发时，马居然跌倒。这些事都被当作是不祥的预兆——《南明野史·绍宗皇帝纪》。

郑鸿逵在揭阳时，发现港口的水底发出光芒，派人潜水下去看，原来是一台大炮，上面刻有欧洲文字。这台大炮可以装重24斤的炮弹，射程可达4、5里，只要祈祷必定击中目标。郑鸿逵用这台大炮摧毁不少敌军的要塞，当时的人认为这台大炮是神物——《从征实录》。