19岁南归，游广东经学名家简朝亮草堂。庚子后，痛感亡国无日，于1902年在上海创办《政艺通报》，“其大旨则欲决植民权，以排斥专制，为变政之根本。1905年发起成立国学保存会，刊行《国粹学报》，宣传排满革命，虽抗师命而不止。邓实发表的学术文章并不多，擅长政论，《国涟保存论》、《国学真论》、《古学复兴论》诸文，使之成就为国粹理论的主要构造者之一。邓实以国粹派的组织者和理论家而闻名于时，柳亚子称誉他“是了不起的人物”。

代表作品：

《国粹学》（1902年）

精华摘要：国必有学而始立，学必以粹为有用。国不学则不国，学非粹则非学。非学不国，其将何以自存矣！

《国学讲习记》（1905年）

精华摘要（邓实给国学下定义）：国学者何？一国所自有之学也。有地而人生其上，因以成国焉。有其国者有其学，学也者，学其一国之学以为国用，而自治其一国者也。国学者，与有国以俱来，本乎地理，根之民性，而不可须臾离也。君子生是国，则通是学，知爱其国，无不知爱其学。

《古学复兴论》（1905年）

精华摘要：十五世纪为欧洲古学复兴之世，而二十世纪为亚洲古学复兴之世。夫周秦诸子，则犹之希腊七贤也。土耳其毁灭罗马图籍，犹之嬴秦氏之焚书也。旧宗教之束缚，贵族封建之压制，犹之汉武之罢黜百家也。呜呼！西学入华，宿儒瞠目，而考其实际，多与诸子相符。于是而周秦学派遂兴，吹秦灰之已死，扬祖国之耿光。亚洲古学复兴，非其时邪？

平生致力于珍本古籍的收藏，所藏多秘籍，以清廷禁毁书为多，藏书处有“风雨楼”，并编撰有《风雨楼书目》。光绪三十一年（1905），与章太炎等人在上海创办了“国学保存会藏书楼”，收藏大量珍本古籍。该楼藏书楼刚开办时约有书近6万余卷，是集合邓实、黄节、刘师培3人所捐图书作为基本藏书。藏书于1906年10月正式开放。办藏书楼的宗旨是：庋藏古今载籍，搜罗秘要图书，以供本会会员及会外好学之士观览。它也对社会上好学之士开放。他亲自参与了该藏书楼的管理，对书籍逐一检阅、编号、分类，装订和修补破损的图书；完成了重新编目工作。并编制有目录。撰写有《国学保存会藏书志》；1932年实因经费短缺闭楼，藏书最后由他捐献给复旦大学图书馆。刊刻图书有《风雨楼丛书》50册、《风雨楼秘籍留真》10册，皆为影印各名家手写稿本。如顾苓、孙承泽、朱彝尊、王芑孙等人的手写稿本。藏书印有“秋枚”、“鸡鸣风雨楼藏书记”、“鸡鸣子”、“实”等数枚。