CDC是美国创立的第一个联邦卫生组织，其宗旨是在面临特定疾病时协调全国的卫生控制计划；这些疾病包括人之间相互传染、动物和昆虫传染给人以及环境传染给人的各种疾病。CDC的前身是美国联邦政府在二战期间（1939~1945）设立的临时战争地区疟疾控制办公室（MCWA）。虽然原来的目标本是疟疾，MCWA自1943年开始逐渐开始拓展了自己的责任范围，并开始防御由蚊子传播的登革热及黄热病。在1945年，MCWA由开始负责斑疹伤寒。

在1946年七月1日，美国公共卫生部（U.S. Public Health Service）把MCWA重新设立为传播疾病中心（Communicable Disease Center），并将其总部设立于亚特兰大市。在1951年，传播疾病中心建立了流行病信息服务部（Epidemic Intelligence Service，简称EIS）以训练科学家，让其为全世界各地的卫生危机做准备。在1970年，由于机构负责大量的可防御性疾病，机构的名称被改为美国疾病控制中心（U.S. Disease Control Centers）。在1980年，中心一词被改为复数（由Center变为Centers）以显示机构结构的改变。在200年，CDC已有11个中心和办公室，包括国家传染病中心（National Center for Infectious Diseases，简称NCID）。美国国会在1992年再次更改了机构的名称并加入了“及控制”一次，使其全称变为今天的美国疾病控制和预防中心。

CDC的职责自从其创始以来就不曾改变。它最早的职责只是研究对美国某个地区的一种单一疾病的控制方法，渐渐地，其管辖范围不断扩大，除传染性疾病以外，还负责很多慢性病、职业性身体失调及诸如暴力和事故等社会疾病。CDC的努力给人类的生活带来了很大改善，在其头30年的历史中，对美国及全世界范围内的传染病的减少乃至消灭的工作作出了巨大的贡献。

美国疾病控制及预防中心使命是“预防及控制疾病、损伤及残障，促进健康及提高生活质素”。预防及控制传染病仍是该中心的主要工作。