他登位时将十六个弟弟处以绞刑，所以至今于奥斯曼帝国的历史仍保持恶名昭彰的名声。穆罕默德是一个懒散的苏丹，他把政府交给他妈妈皇太后(valide sultan)Safiye Sultan带领。他任内最重大的事件是匈牙利发生的奥地利-奥斯曼帝国战争(1596年–1605年)。
穆罕默德的军队征服了埃格尔(1596年)并在Mezokeresztes战役中打败哈布斯堡王朝和川西凡尼亚的军队，但当时战斗中途他曾被劝阻逃离战场。
在穆罕默德三世的统治下可能衰落中的奥斯曼帝国并未有重大挫折。