短吻海豚与传统渔民似乎是互利共生的。在缅甸的伊洛瓦底江上游,短吻海豚会帮助渔民驱赶鱼群到渔网中,而渔民亦会将副渔获当作奖励给予它们。历史上,一些短吻海豚是属于某些渔村所拥有,以往曾有案例追讨所属的短吻海豚所驱赶的渔获。
短吻海豚受人类的影响较其他海豚深远。刺网是它们的主要威胁,很多个案都是误捕及在网中溺死,这亦是世界自然保护联盟将其中五个短吻海豚的子群列为极危的原因。在缅甸,电渔法及淘金对短吻海豚造成严重的危害。虽然大部份渔民并非有意猎杀它们,但因生活而误杀的不计其数。在越南及泰国曾一度盛行的炸渔亦造成不少的间接伤害。在某些亚洲国家,短吻海豚会被捕捉来观赏或表演。它们对淡水的适应可以减少建造海水水族箱的成本。于2002年,在亚洲就有最少80个水族馆。不过,以往猎杀短吻海豚的目标是获取其鲸脂。
短吻海豚现时被列为《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录一的保护物种,其贸易受到禁止。另外,在孟加拉等地,亦纷纷设立保育区,以免它们再次受到渔业的伤害及失去栖息地的威胁。