寺院依山傍水，占地2.73公顷，由前、中、后三进院落组成，是典型的明代宫殿式建筑群，从山门起依次排列着金刚殿、瞿昙殿、宝光殿、隆国殿等主要殿宇。两侧陪衬着碑亭、壁画廊、小钟鼓楼等建筑，其中隆国殿规模最大，面积是912平方米。
瞿昙寺的文物壁画最为珍重，寺内两侧共有壁画廊51间，其中28间布满了巨幅彩色壁画，面积在360平方米以上，寺内还有精美的石雕和铜、泥塑像以及明宣德年间铸造的铜钟，都是十分珍贵的艺术品。
景点概况
气候：海北州属高原大陆性气候，其特点是：光照充足、太阳辐射强，总辐射量在578.4─746.1焦耳/平方厘米之间，气温低，温凉期短，年均温-5.7—2.3℃之间，寒冷期长达七八个月。干、湿季节分明，雨热同季，境内年降水量在392—518毫米之间，降水量少，多集中在农作物、牧草生长期。境内干旱、大风、霜冻、冰雹等自然灾害种类多，发生频率高、强度大。
最佳旅游时间：去青海旅游最佳季节为夏季，也就是5-10月；7月的青海湖边盛开有大片的油菜花，黄色的花海和一望无际的蓝色湖水，景色绝佳，湖边也是游人最好的扎营地，那时的气温不超过18℃，气候凉爽宜人。
“瞿坛”是梵语，意为“佛祖”。瞿坛始建于1392年，占地面积2.7公顷，建筑面积为10000平方米。整个寺院红墙绿瓦、雄浑古朴。寺内有金刚殿、瞿坛寺殿、宏光殿、隆国殿等组成。隆国殿是寺内规模最大、最辉煌、最气派的建筑，建筑面积912平方米。殿堂两侧建有御碑亭、护法亭、壁画廊，左右设有小经堂，4座佛塔，大、小钟鼓楼等。建筑风格讲究中轴对称，颇似皇宫建筑，故有“青海故宫”之美称。建筑形式各异，风格独特，落落大方。瞿坛寺依山傍水，环境幽雅，是休心养性的好地方。
寺内壁画形象生动，构思奇巧，层次分明、栩栩如生，立体感强，富于想象，贯通三界。画面着色牢固，虽历经沧桑（已有600年史），仍然色彩鲜艳、光彩夺目。寺内还有一座青铜巨钟，直径1.5米，重1吨，钟声浑厚，可传至15公里以外。令人称奇的是隆国殿内有一眼清泉——瞿星池，巧妙的工匠在清泉之上又修建了一座高3米的“泉神堂”，形成了殿内有堂、堂中有泉的奇景。泉水悠悠，为古老的瞿坛寺增添了几分活力。另有“象背云鼓”石雕，象背上托起了木雕的叠云，叠云上又架着一面真鼓，令人赞叹。