大约距今 35亿年前,原始海洋中的氨基酸和蛋白质形成最简单的、无氧呼吸的原始生物(细菌)。它们是厌氧的异养生物,靠吸收水环境中的有机物进行无氧呼吸(发酵)而获得能量。这种厌氧异养原始细菌逐步演化出有叶绿素,并能进行光合作用的自养原核生物──藻类,如燧石藻、蓝绿藻等,形成藻菌生态系,在水体中进行光合放氧作用。随着藻菌生态系的进化,在10~15亿年前,出现了单细胞真核植物,约在6亿年前海洋中出现动物,在4亿年前(晚志留纪和早泥盆纪)出现陆生蕨类,从此,形成了水陆的动物、植物、藻菌类的生态系统。
生物的发生和发展形成了生物圈。生物的作用对环境化学物质的演化产生巨大的影响。这种影响主要有如下几个方面:①绿色植物通过光合作用,吸收二氧化碳,放出氧;植物吸收氧,合成蛋白质;微生物分解生物残体,放出氮气。这一切使原来以二氧化碳、一氧化碳、甲烷和氨为主要组分的还原大气演化成为以氮、氧为主的氧化大气(第三代大气)。据推断,地球大气由还原大气演化成氧化大气约在18~22亿年以前。由于大气中游离氧逐渐增加,约在 4亿年前形成臭氧层。臭氧层对太阳的强烈紫外辐射起到屏蔽和过滤作用,使陆地植物更加繁盛,水生生态逐渐演化到陆生生态。绿色植物是二氧化碳的主要转化者,又是碳素的主要储存者。据推算,地球上每年约有 150亿吨的二氧化碳转化为木材。森林植被含有碳素4000~5000亿吨。当今使用的矿物燃料(煤、石油、天然气)是古代生物转化而来的。②岩石经风化和生物的作用形成了土壤。土壤的形成促进了生物的大发展,影响环境化学物质的循环和演化。③生物的作用影响水圈的化学演化,使原来以氯化物为主的酸性还原环境逐渐演化为以氯化物-碳酸盐为主要成分的中性氧化环境;氨被氧化为硝酸盐;活性较大的低价铁、锰离子被氧化为高价离子,并形成铁锰水合物或碳酸盐而富集起来。④水陆的动物、植物和微生物的三级生态系统,对化学物质的循环产生重大的影响。如占空气正常含量约0.03%的二氧化碳,通过生物的呼吸作用,大约 300年循环一次;占空气正常含量约20%的氧,通过植物的光合作用,2000年可循环一次。整个水圈的水分,通过生物圈的吸收、排泄以及蒸发和蒸腾作用,约20万年可循环一次。此外,生物的作用对铁、钙、碳、氮、磷等的循环也有很大的影响。