研究院面向国家技术创新和国防建设的要求，面向地方经济建设和市场需求，在航天科技集团的领导下，依靠航天工业的工程优势和产业平台，依托哈工大的人才与技术研发力量，利用深圳改革开放的区位优势，产、学、研有机融合，持续开展技术创新、管理和经营创新，把研究院建成为研发专业化、关键项目产业化、产品市场化、产业资本化、相关领域有限多元化，科研、产业和资本运作良性循环，主营业务具有核心竞争力的高科技产业集团。力争把深圳航天科技创新研究院建设成为具有“寓军于民、军民并举”特色的科技创新研发机构，建设成为航天科技集团在珠江三角洲发展的产业龙头，建设成为军民两用的航天技术发展的研制基地，建设成为大学科研成果的孵化与产业化平台。
截至目前，研究院已经形成一支以教授、博士为中坚力量的多学科的科研队伍，拥有五个深圳市重点实验室、四个联合实验室、一个博士后科研流动工作站的科研开发平台，在空间元部件、电子信息与通信、机电一体化、新材料等各领域具有自主创新能力的研发机构。